益生菌通過與有害細菌競爭氧、營養和定植位點，抑製有害細菌增殖，從而改變腸內菌群平衡，使腸內環境得到淨化。通過抗氧化作用、抗變異作用、生理活性作用、免疫刺激等方式對宿主發揮機體調節、機體防禦、預防疾病、治療疾病等功效。
這裏例舉幾種益生菌類藥物的適應症。
1、地衣芽孢杆菌活菌：用於細菌或真菌引起的急、慢性腸炎、腹瀉。也可用於其他原因引起的腸道菌群失調的防治。
2、雙歧杆菌活菌散：用於腸菌群失調引起的腸功能紊亂，如急、慢性腹瀉，便秘等。
3、酪酸梭菌二聯活菌散：用於急性非特異性感染引起的急、慢性腹瀉，抗生素、慢性肝病等多種原因引起的腸道菌群失調及相關的急慢性腹瀉和消化不良。
4、枯草杆菌二聯活菌：用於因腸道菌群失調引起的腹瀉、便秘、脹氣、消化不良等。
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